La influencia que los gobiernos han ejercido para controlar la calidad de la educación superior en el país ha sido mínima hasta hace unas décadas (Rivarola 2008). Pero los cambios generados por la globalización, junto con una falta de control en el proceso de expansión de instituciones de educación superior y el interés regional en establecer redes de colaboración han impulsado la introducción de nuevos mecanismos reguladores para el sector. La creación de una agencia independiente de evaluación y acreditación de la calidad de la educación superior ha derivado en la introducción de nuevos instrumentos. En el presente trabajo se analiza la evolución del sistema de aseguramiento de la calidad de la educación superior paraguayo desde la creación de la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación (ANEAES) en el año 2003. Se exponen los principales cambios institucionales y normativos, y en particular su incidencia para ofrecer programas de educación superior de calidad.