La tendencia a la regionalización de la acción sindical de UGT, con un gran protagonismo de las Uniones de Comunidad Autónoma y la proliferación de acuerdos de concertación regional, origina la creciente preocupación en la dirección confederal a una excesiva parcelación organizativa, que le lleva a buscar las estructuras más adecuadas potenciando la estructura profesional o vertical en detrimento de la estructura horizontal o territorial. Por otra parte, la tendencia de la dirección confederal a la centralización de la negociación colectiva, como forma de resistir a las políticas neoliberales, choca con la voluntad de afirmar un marco autonómico de relaciones laborales. Son los retos en la estructura dual, conflictos de intereses no resueltos en la actualidad, a los que se enfrenta el sindicato.